在李幼滋這個工部尚書積極負責官邸的設計與建造期間，少師兼五軍都督府知樞密院事方逢時也已完成了對樞密院的組建工作，初步訂立了樞密院與兵部各自在軍事上的分工，也建立了初步的樞密院相應政務的執行制度。
本來是在兵部下轄兵政院進行學習的原貴州巡撫江一麟、雲南左布政使金學曾、安慶知府葉夢熊等，直接就因此被方逢時奏請得皇帝同意而提前畢業，直接到樞密院任職；
而且，本是在後軍都督府任僉書負責訓練兵車營與在京衛武學負責訓練武將的俞大猷，也被方逢時奏請得皇帝同意，以樞密副使的身份在樞密院任職；
另外，方逢時還從兵部抽調了一些人，以此，組建起了樞密院的基本框架。
因為樞密院是五軍都督府下轄掌軍機之處，故而方逢時就以此為由，吸納了武將俞大猷進入樞密院體系，參與武臣銓敘。
而方逢時讓俞大猷進入樞密院，既是因為他同張居正一樣重視武將，也因為他知道俞大猷在浙江打過仗，還任過浙江總兵官，而有意藉助俞大猷對浙江武臣體系的瞭解，儘快達到在浙江抓走一大批因是江南豪紳家奴背景的武臣後，能迅速起用一批武將而填充浙江整個武臣體系的目的。
與戚繼光不同，俞大猷不善於與文臣打交道，所以導致他屢次在仕途上受挫，也就使得他的許多舊部也因他的境遇不好而多被革職。
如今方逢時則有意讓俞大猷有薦舉自己舊部被重新起用的機會。
在方逢時看來，俞大猷是清廉忠直的，那其舊部也應該差不了多少。
俞大猷自然也願意拉自己舊部一把，便遵從了方逢時的鈞示，舉薦了自己不少可靠的舊部去浙江充任空缺下來的武臣官，乃至在西南的一些處於空缺狀態的武臣位置。
如此一來，因為江南豪紳拉攏張黨內部一些貪官汙吏，導致浙江和西南地區的許多武臣位置被安插了許多他們的人後，而被朝廷進行清理一空，造成的地方許多武臣位置空缺的問題，被迅速得到了解決。
可以說，江南豪紳們在浙江與西南安插的武臣在很短時間內就被全部更換。
暗中企圖破壞新政的江南豪紳們，算盤算是竹籃打水一場空。
甚至新政還因此得到進一步展開的機會。
比如官邸制度的確立，與武官銓敘和軍機歸五軍都督府的事。
方逢時現在就因為，原先只由兵部獨自承擔的各類兵政，改由樞密院與兵部分別承擔，而不用再既負責全國軍事戰略總指揮，又負責武臣人事任命，乃至管理兵馬錢糧數目統計以及京營戎政管理等諸多事務，而大大減少了工作量。
雖然，這樣也導致兵部尚書這個官位的權力縮水許多，但也因此讓他這個邊臣出身的大員，在新的兵部尚書梁夢龍到任後，而可以卸下在兵部的職務，只專心負責全國軍事戰略指揮與武官銓敘上的事，而能有足夠的精力，來做些自己想做而一直沒有時間做的事。
比如制定出今後很長一段時間內的軍事戰略。
作為一個在廣東和江西平定過農民起義，在大同和遼東任過巡撫，又總督過宣府、大同、山西山邊的邊臣。
方逢時一直都對大明將來的軍事佈局有自己的一番設想，且也在與張居正的私信中不止一次的提到過，而張居正也正因為此，才在譚綸去後，舉薦他任本兵。
“樞密院剛剛設立，武臣銓敘之事也基本完成，現在就只有還一件事未做，便是佈局接下來整個國朝的戎政方略！”
“西北要不要收復河套；西南改土歸流一旦引發大的戰事會是哪幾個土司引發，朝廷當怎麼未雨綢繆；遼東的女真之患會不會死灰復燃，當如何盡弭遼東女真之患？”
方逢時說著就看向俞大猷、江一麟、金學曾等人：
“諸位且議議吧，議出個結果來，就以樞密院名義上一份題本給陛下，向陛下奏明樞密院關於接下來國朝戎政之方略佈局的建言，而請聖裁。”
“凡事預則立不預則廢。”
“國朝自五軍都督府之軍議權為兵部所奪後，兵部就因諸事冗雜且疲於應付各類錢糧不足之事而無暇議定戎政方略，致使很多兵事突然發生時而無準備之策，如庚戌之變與倭亂髮生時，一開始兵部就很無措！毫無準備之方略！”
“如今，樞密院既然設立，就得彌補這一弊病，為天下戎政先提出方略，以作為督撫處理邊事之綱。”
方逢時接著又補充起來。
自夏言與曾銑因提收復河套之議而被誅殺後，已經沒有大臣敢再提收復河套。
儘管收復河套的確意義重大。
而如今，方逢時敢提出來，且還是在河套一帶的蒙古諸部已經因為俺答和貢而不再襲擾邊鎮時，就足以說明其本人的確在軍事戰略上的佈局是有魄力的，乃至不惜再提收復河套一事。
要知道，大明歷史上就是因為沒能一直解決河套一事，乃至萬曆初期國力強盛時也沒收復河套，使得在萬曆中期，河套一帶又發生了戰事。
方逢時此時提出來，也算是目光長遠。
“本堂先說吧。”
方逢時說著就道：“首先，以本堂之見，河套現在不宜談恢復之事，主要是和貢未久，西北還未生亂，尋不到契機，只能先利用眼下和貢的機會，慢慢教化，安插錦衣衛細作，以備將來。”
“可現在蒙古順服，那是因為我方兵馬漸強，而一旦承平日久，我方官兵漸惰，則蒙古必再擄掠，而不肯以貿易取利。”
“胡夷素來是畏威而不懷德，所以將來還是少不了一場大仗，也少不了要收復河套，而斷敵之基的。”
方逢時說後，江一麟就道：“西南若改土歸流，最當警惕的便是楊氏、安氏、奢氏這三家土司。”
“但西南山險族雜，故將來欲要順利應對大戰，當以夷對夷！”
“此時也應先大量教化當地生夷，使漢化之熟夷更多，如此可以編熟夷為官軍，而對付土司兵，必能事半功倍！”
方逢時點首：“殷少保也是這樣想的。”
接著，曾任過遼東巡按的葉夢熊則道：“遼東女真最應堤防的當屬建州女真！不過王杲已死，建州勢弱，如今倒也無礙。”
“只是，難免女真將來會同蒙古俺答有板倉一樣，而有自己的佃農，進而不再只是能擄掠，而能組建重兵，擴土募兵。”
“所以，朝廷最好還是盡屠其族，或者教化其族，也與西南一樣，改土歸流，否則，難免將來再成巨患。”
俞大猷這時說道：“這麼說來，就不只是西南要改土歸流，是西北蒙古和東北女真都得該土歸流！”
“那這樣的話，朝廷有這麼多銀子去改土歸流嗎？”
“改土歸流最難的不是怕土酋們造反，最難的是要拿錢糧去招撫被土酋統御的番民，還要花錢糧去教化他們；”
“或者屠盡他們，雖有違仁道，但要想殺盡，也是很費軍餉的，而不比只是平亂安邦。”
“總之，改土歸流能不能行，就在於看朝廷是否有足夠的國帑去做這事！”
方逢時聽後點首：“俞老將軍所言乃老成謀國之言，比我等文臣還要明白，如今是得想想先改土歸流哪裡比較好。”
“為什麼不先渡海平倭，以增財源？”
金學曾這時突然問了一句。
